箱館戦争中に五稜郭に出入りしていた若き土方は、金塊を隠したアイヌたちと出会い、彼らに戦闘で負傷していたところを救われる。だが政府軍に見つかり、そのまま連行され幽閉状態に置かれる身となったのだった。それから時が経ち、ロシア領事館に隠されていた金塊はウイルクたちによって五稜郭に移され、杉元たちがそれを発見するに至った。一時中断されていた駆逐艦の艦砲射撃が再開される中、杉元たちは局面を打開できるのか⁉︎
　気球を使った観測により、駆逐艦の艦砲射撃は杉元たちが敵の攻撃を防ぐために築いていた堡塁を次々に破壊していく。さらに鶴見中尉の号令をきっかけに、100名を越す第七師団の歩兵が五稜郭の入口となる３つの橋に向かって一斉に突撃を開始した。杉元たちとソフィア率いるパルチザンがこれを迎え撃ち、五稜郭の各所で戦闘が勃発。そんな中、土方から別命を受けた門倉は、永倉たちと共に函館山を訪れていた。その目的は、箱館戦争時に新撰組が隠した回天丸の主砲を使って五稜郭を守ること。主砲からの砲撃は見事命中し、４隻の駆逐艦を攻撃不能にすることに成功。だが南口で稜堡の一部が制圧され、ついに敵の侵入を許してしまうッ！