五稜郭からの脱出を目指す杉元たちは、北口で戦っていたソフィアを発見。一緒に逃げるように促すが、ソフィアは敵を食い止めるためにその場に留まる道を選ぶ。別れ際、アシㇼパに未来はあなたが選んでと告げたソフィア。しかしその直後にソフィアは鶴見中尉の放った銃弾に倒れ、さらに銃撃で体勢を崩した馬からアシㇼパが落下してしまう。杉元とアシㇼパが離れ離れになりかけたそのとき、意外な人物が救いに駆けつける……。
　アシㇼパを救ったのは、家族ができたことをきっかけに別れたはずの谷垣だった。杉元たちが五稜郭にいると聞きつけた谷垣は、役目を果たして過去にケジメをつけるために行動を起こしたのだ。その後、五稜郭から脱出した杉元たちは、ヴァシリとのスナイパー対決を制した尾形の狙撃をかいくぐって土方たちと合流。ちょうど通りかかった函館駅行きの列車に乗り込むが、車内には第七師団の第二陣が乗り込んでいた。機先を制して牛山が敵に襲いかかり、そのスキに列車を降りようとする杉元たち。だが追ってきた鶴見中尉に谷垣が撃たれ、杉元たちは車内で戦うことを余儀なくされる。さらに尾形も姿を見せ、暴走列車を舞台にした大乱戦が幕を開けるッ！